近日，中国热带农业科学院香料饮料研究所联合华中农业大学、马来西亚科学院等7家单位，绘制了我国胡椒栽培种“热引1号”染色体级别精细基因组图谱（木兰亚纲胡椒目首次报道基因组组装的物种），综合解读了胡椒的基因组特征，物种进化位置，并对胡椒碱合成代谢网络和关键基因及其基因家族进行深入研究，研究结果为被子植物演化及胡椒碱生物合成提供了新的见解。相关研究成果在线发表在国际著名杂志《Nature》子刊Nature Communications（IF=11.878）上。
胡椒（Piper nigrum，2n = 52）是木兰亚纲（Magnoliids）胡椒目（Piperales）胡椒科（Piperaceae）胡椒属（Piper）的热带木质藤本植物。胡椒素有“香料之王”、“黑色黄金”的美誉，在人类历史文明进程中占有独特地位。在中世纪的欧洲，胡椒是社会地位和财富的象征，价比金银，可作为货币流通，胡椒贸易路线的拓展促成了新航路开辟、地理大发现等重要历史事件。当前，胡椒广泛种植于热带、亚热带30多个国家和地区，已成为服务国家“一带一路”倡议的重要媒介作物。
研究团队结合PacBio三代测序、10X Genomics、基于直接标记和染色（DLS）的BioNano单分子光学图谱和Hi-C染色体交互捕获四种测序技术，实现了胡椒染色体级别的组装。基于21个典型物种的比较基因组和系统发育分析，确定了胡椒及其所在木兰亚纲的系统发育位置，即木兰亚纲与整个单子叶-双子叶互为姐妹关系，胡椒目与木兰目-樟目互为姐妹关系，且大约在175-187 MYA（95% HPD）发生分歧。同时，进一步通过基因家族扩增、比较转录组和序列进化分析，揭示了胡椒最主要的功能物质胡椒碱生物合成的特异性，初步阐述胡椒碱生物合成分子机理。
该研究主要得到了中央级公益性科研院所基本科研业务费和农业农村部物种资源保护等项目的支持。研究论文题为“The chromosome-scale reference genome of black pepper provides insight into piperine biosynthesis”， 中国热科院香饮所胡丽松副研究员、华中农业大学许忠平博士为论文的共同第一作者。中国热科院香饮所郝朝运研究员、华中农业大学金双侠教授为论文的共同通讯作者。
论文在线网址https://www.nature.com/articles/s41467-019-12607-6
胡椒基因组信息
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