中国热科院椰子所发布槟榔全基因组图谱

近日，中国热科院椰子所联合华大基因完成了槟榔（Areca catechu L.）基因组测序拼接及序列分析工作，全球首次完成及公布海南槟榔全基因组测序。研究成果以Chromosome-scale genome assembly of areca palm (Areca catechu)为题在线发表于中科院JCR一区期刊《Molecular Ecology Resources》（IF=7.090）。

在这项研究中，通过Illumina和PacBio数据与Hi-C映射技术相结合，完成了热研1号槟榔染色体水平的参考基因组组装，槟榔基因组大小为2.51Gb，scaffold N50为1.7Mb，通过Hi-C辅助组装技术进一步组装成16个染色体的基因组，N50为172Mb。

研究分析发现，槟榔基因组包含31,571个蛋白质编码基因，92.92%的基因获得功能注释，参与槟榔碱、黄酮类、花青素、单萜类及其衍生物生物合成的基因家族呈现不同程度的富集和扩张。槟榔全基因组的发布开启了槟榔后基因组时代，槟榔“热研1号”参考基因组将为槟榔个体的重测序、功能基因的挖掘（抗病、优质、特异）和重要品质（软纤维、高槟榔碱等）形成机理研究、全基因组关联分析等提供重要的参考体系，为槟榔分子生物学研究、加快育种步伐奠定了里程碑的基础。

该工作得到了中央级公益性科研院所基本科研业务费、物种保护等项目的支持。中国热科院椰子所杨耀东研究员、黄丽云副研究员，华大基因许春艳为共同第一作者，椰子所覃伟权研究员为通讯作者。