服务对象：科研单位
服务的背景和意义
芒果是漆树科芒果属热带常绿大乔木，是世界第五大果树作物，也是第二大热带果树作物。芒果种质资源丰富，但现代育种实践中对芒果资源的利用极为有限，长期以来，芒果育种主要依赖实生选种、杂交育种等方式，其育种周期长、限制因素较多。芒果基因组的解析，将为芒果种质资源研究及其分子设计育种打开全新窗口。
服务周期：2014年-至今
服务内容和方式：提供阿方索、汤米、圣心、白象牙、桂热82号等56份种质资源
组织管理情况：中国热带农业科学院联合中科院微生物所等10家单位开展芒果全基因组测序工作。
取得的成效：绘制了芒果染色体级别精细基因组图谱，并从基因组水平上揭示了芒果物种进化机制和栽培品种驯化历史。相关研究成果在线发表在基因组领域国际顶级杂志《Genome Biology》（IF=14.028）上。
共注释得到了41251个芒果蛋白编码基因。Ks分析结果表明，芒果祖先于3300万年前附近发生了全基因组复制事件，而复制后的双拷贝基因中，与光合作用、光呼吸和脂质代谢相关的基因被选择性保留了下来，这些基因可能为该时期芒果应对大气中二氧化碳浓度急剧降低和气候变冷提供了适应性优势。在众多扩张的基因家族中，一个突出的例子是查尔酮合成酶基因，该基因的扩张主要原因是串联复制和全基因组复制；部分基因在不同颜色的芒果果皮中均体现为高表达，这可能与漆酚合成相关。漆酚是芒果等漆树科物种中特有物质，该物质能引起人体强烈的致敏反应。该发现将为阐明漆酚合成的分子机制提供基础。该项目还对48个芒果品种和4个同为芒果属的近缘物种进行了重测序。进一步分析表明，芒果传统品种分为印度和东南亚两大类群，而多数商业品种出现了等位基因混杂。PCA分析、系统发育分析和STRUCTURE分析均表明，存在于中国南部和东南亚国家的芒果农家品种，在东南亚类群中形成了独特的亚类群；有意思的是，海南等部分区域的农家种资源也出现了和商业品种类似的等位基因混杂。
进化生物学与比较基因组分析结果
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